老尼慈庆七十五岁这一年，北魏最高层人事调整中发生了一个对后来政局有重大影响的变化，就是领军将军换人了。大概在永平元年（508）底或稍后，本来担任禁军副统帅左卫将军的元珍，对，就是那个亲自动手逼元勰饮下毒酒的元珍，升任领军将军。元珍墓志这样描述他的领军任命：“始荷腹心之任，受六师之重，掩虎旅于神扉，启御侮而肃警。”墓志接着说：“延昌二年，迁尚书左仆射。”从级别待遇上说，领军将军是二品上，尚书左仆射是从一品中，不只是升了，而且还跳了一级。但两个官职的权责差别很大。平时也许看不出领军将军这个职位的关键性，但到了最上层特别是皇权本身过渡或转移的关节点上，它就比几乎其他所有职位都更重要。元珍升为左仆射，领军将军由于忠接任。
于忠当然也是宣武帝最信任的武官之一。从推翻六辅体制到平定元禧叛乱，宣武帝依赖的都是领军将军于烈，而于烈之子于忠那时一直担任左右郎将、领直寝这样的御前侍卫军官，而且他一直是宣武帝与于烈之间最重要的联系人。于忠本名今已不知，太和中孝文帝给他赐名登。宣武帝又给他赐名忠，对他说：“朕嘉卿忠款，今改卿名忠。既表贞固之诚，亦所以名实相副也。”于烈死后，于烈之弟、于皇后之父于劲继任领军将军，而于忠担任禁军高级将领中的武卫将军。同时于氏家族的多人都担任禁卫军官，可见于氏在禁军系统根基极深。
据《魏书·于忠传》，于忠曾与北海王元详关系紧张。元详甚至当面对他说：“我忧在前见尔死，不忧尔见我死时也。”于忠怒怼道：“人生于世，自有定分，若应死于王手，避亦不免；若其不尔，王不能杀。”虽然元详做手脚把于忠从禁中挤到外朝，但最后还是于忠看到了元详惨死。元详之死，史书多推给高肇，其实于氏只怕没少用力。正因为这样，后来元详之子元颢在南朝支持下称帝杀回洛阳后，虽然全力笼络朝野人物，却毫不客气地杀掉了于劲之子、位居尚书仆射的于晖。
领军将军一职从元珍转给于忠，对宣武帝来说差别不大，两人都长期在禁中担任禁卫军官，久经考验，完全信得过。可是对于高肇而言，局面就大大不同了。元珍与高肇交好，见《北史·魏诸宗室传》：“宣武时，（元珍）曲事高肇，遂为帝宠昵。”而于忠偏偏是高肇在朝廷上比较少见的、公开的对头，这种强烈的敌意，也许至迟开始于于皇后及其子元昌神秘死去之时。据《魏书·于忠传》，当于忠任河南尹时，“高肇忌其为人，密欲出之，乃言于世宗……于是出授安北将军、定州刺史”。于忠为河南尹时，还担任河南邑中正，最重要的工作是受命与元晖、元匡和元苌一起“推定代方姓族”。这四个人在元苌墓志里称为“铨量鲜卑姓族四大中正”，可能是正式名称，墓志模糊地记此事于“永平中”。而《魏书·世宗纪》载永平二年（509）十二月有论定五等诸侯选式的诏书，事与“推定代方姓族”“铨量鲜卑姓族”虽不同却相关，看来这一年集中讨论过这类问题，故可推测于忠列名四大中正在永平二年。那么，高肇把他排挤出洛阳，应该也在这一年或稍后。
但皇子元诩出生后，宣武帝调整禁军人事，迫切需要把最可信赖的人放在禁军主要将官的位置上。《魏书·于忠传》记于忠出任定州刺史不久，宣武帝“既而悔之”，又把他调回来，“复授卫尉卿，领左卫将军、恒州大中正”。于忠以三卿领左卫将军（禁军副帅），堪称心膂有寄。不过定州刺史毕竟是一种荣授，所以宣武帝“密遣中使（宦官）”去见于忠，向他解释道：“自比股肱褫落，心膂无寄。方任虽重，比此为轻。故辍兹外任，委以内务。当勤夙无怠，称朕所寄也。”元诩立为皇太子，于忠“除都官尚书，加平南将军，领左卫、中正如故，又加散骑常侍”，这些职务中最要紧的还是左卫将军。
据《魏书·于忠传》，有一次于忠“侍宴”，宣武帝把自己随身带的“剑杖”赐给于忠，还端起酒杯向他敬酒，说道：“卿世秉贞节，故恒以禁卫相委。昔以卿行忠，赐名曰忠。今以卿才堪御侮，以所御剑杖相赐。循名取义，意在不轻。其出入周旋，恒以自防也。”到延昌二年（513），领军将军元珍升为尚书左仆射，于忠递补为领军将军，同时还任侍中。侍中是门下省长官，负责协助皇帝处理各类事务，是非常显要的位置，但日常工作跟文书打交道比较多，需要一定的文化素养。于忠觉得自己不适合，跟宣武帝说：“臣无学识，不堪兼文武之任。”意思是只做领军就可以了，不必做侍中。宣武帝回答：“当今学识有文者不少，但心直不如卿。欲使卿劬劳于下，我当无忧于上。”宣武帝的一大特点是念旧，看重老交情，十五年来他对于氏诸人的信任可谓历久弥新。
这就是宣武帝末年最重要的人事调整。从领军升至尚书左仆射的元珍，本来算是高肇在朝中的一大盟友，可他次年突然病死。元珍墓志：“春秋卌七，以延昌三年岁次甲午五月戊申朔廿二日己巳（514年6月29日）寝疾不豫，薨于笃恭里第。”于是，高肇在朝堂内外比较重要的盟友只剩下王显，因为王显担任御史中尉，可以弹劾百官，又深得皇帝信任，有相当的威慑力。
当然，只要宣武帝健在，高肇以司徒之重，帝舅之尊，掌握朝权长达十二三年之威，大概也不用担心什么。即使宣武帝出了什么意外，只要高肇及时控制住皇太子，即位后搬出皇太后高英来听政，也是皇权制度下常见的操作。这就要求他要么一直跟现任的皇帝在一起，要么能及时掌控未来的皇帝。可是到了延昌三年底，高肇被宣武帝委以统帅之任，率大军征蜀，远远离开了京师洛阳，也就远远离开了现在的皇帝和未来的皇帝。
据《魏书·世宗纪》：延昌三年十一月“辛亥（514年12月8日），诏司徒高肇为大将军、平蜀大都督，步骑十五万西伐”。两个月之后，征蜀大军的前锋部队刚刚抵达梁州（今甘肃陇南），还没来得及展开对萧梁益州的进攻，就传来了罢军回师的命令。据《北史·外戚传》，高肇和征蜀主要将领如元遥、甄琛等，接到以孝明帝名义写的书信，“称讳言以告凶问”，报告了宣武帝去世的噩耗。
对高肇来说，情况真是不可思议的糟糕。不过，毕竟他指挥着北魏最重要的军队，如果有心利用这支军队，还是可能扭转形势的。《魏书·任城王澄传》：“世宗夜崩，时事仓卒，高肇拥兵于外，肃宗冲幼，朝野不安。”可见洛阳朝廷对此也是有点担心的。然而高肇不是那种敢做大事的人，而且统军诸将各有朝中音信，不见得会听他的。《北史·外戚传》：“肇承变，非唯仰慕，亦忧身祸，朝夕悲泣，至于羸悴。”自己先吓得半死了。
《魏书·世宗纪》：“延昌四年春正月甲寅（515年2月9日），帝不豫，丁巳（2月12日），崩于式乾殿，时年三十三。”宣武帝和他父亲孝文帝一样死得早，可能都是因为长期食用过多的五石散之类的补药。代北时期拓跋君主对华夏文化的吸收，至少在早期阶段，一个重要表现是痴迷于天象占卜谶纬等与神秘主义相关的知识。随着时间推移，华夏化程度越来越高，他们也会乐于尝试盛行于中古早期的食散进补等医学技术。孝文帝的早死，一定与食散有关。而宣武帝是不是也如其父一样痴迷食散，我们还不知道，只是一种可能。
无论宣武帝患了什么病，他于甲寅（2月9日）病倒，三天后（2月12日）的丁巳夜里去世，的确在洛阳宫造成了恐慌。据《魏书·恩倖传》，宣武帝的最后几天，身边主要是几个恩倖左右，特别是徐义恭，“世宗不豫，义恭昼夜扶侍，崩于怀中”。朝官最早知道消息的，应该只有在禁中值班的文武官员，其中特别重要的是侍中兼领军于忠、侍中崔光、太子詹事王显、黄门郎元昭、太子中庶子裴延儁、中书舍人穆弼、大长秋卿（宫内宦官的最高长官）刘腾、右卫将军侯刚（皇家第一大厨，同时又谋到了一个禁军高级将领的职位）等，连皇后高英（因住在北宫，与中官相对隔绝）都不知道。相关记载集中见于《魏书·于忠传》和《魏书·礼志》，但《于忠传》在非常关键的地方有残缺，造成一定的模糊和混乱。
大位不可虚旷，所以这些官员在不能通知众朝臣的情况下，连夜完成了皇太子即位的典礼。据《魏书·礼志》，宣武帝驾崩，崔光、于忠、王显和侯刚“奉迎肃宗（皇太子元诩）于东宫”。《魏书·阉官传》：“世宗之崩，群官迎肃宗于东宫，（王）温于卧中起肃宗，与保母扶抱肃宗，入践帝位。”王温是东宫的大宦官（中给事中），他和“保母”一起扶抱着不到六岁的元诩，和前来迎接的众大臣一起前往禁中。不知道这些“保母”中，有没有七十七岁的老尼慈庆。