伯吉斯和麦克莱恩的出走使菲尔比面临重大抉择。在最初研究麦克莱恩的逃跑问题时，他的苏联同事就考虑到可能会出毛病而使他陷入危险的境地。针对这种可能佐，他们曾精心地为他策划了一个逃跑计划，以使他在十分紧急的情况下可以见机行事。

很明显，伯吉斯的逃跑使情况变得更紧急了。

但菲尔比对此持怀疑态度："是不是十分紧急了呢？"他认为只有等他拆掉他房里会连累他的秘密设备，再了解联邦调查局的态度以后，再就此做出决定。

他把房里的秘密设备埋在乡村的一片树林中后，感到轻松多了。就物证来说，他现在是干净利索了。

现在他可以考虑自己的处境问题了。由于几天以来没少想这个问题，所以在当时他就拿定了主意。他决定先不动声色。他的指导思想是："除非我滑过去的机会十分有限，否则我一定要闯过这一关。"他也知道，他肯定要蛰伏一段时间，而且这段时间可能会拖得很长并让人难以忍受，但是他确信肯定是有机会再接着干的。

解决这个问题的关键是要估计一下滑过去的机会有多大。菲尔比认为，他现在的机会比以往任何时候都好。就他来说，他已经在情报部门里干了11年，其中7年担任高级职务，跟军情五处合作了8年，跟美国情报机关紧密配合了将近2年，断断续续的联系保持了8年，这就是他最大的优势。他认为他对敌人的了解程度已到了足以预见他们一般将会采取的行动。他了解他们的档案材料——他们的基本武器。更重要的是，他了解法律和惯例对他们工作的种种限制。很明显，在伦敦肯定有许多身居高位的人非常希望看到他清白无辜，他们将会有助于消除对他的怀疑。

菲尔比还认为，虽然他值得怀疑的地方很多，但他们根本拿不出什么实际证据来，这一点是最关键的。

就这样，菲尔比决定继续潜伏下来。事情果真如他所认为的那样，外交部把他召回伦敦后虽受到质询和秘密审问，但他们拿不出证据。1956年9月他被外交部开除以后，就以《观察家》和《经济学家》周刊特任记者的身份到贝鲁特去工作，继续为苏联情报机关活动。

1962年苏联情报机关的高级人员乔治。布莱克被捕后，菲尔比才被确认为苏联情报人员。

1963年1月23日晚，菲尔比在贝鲁特失踪。不久，苏联政府宣布获准菲尔比在莫斯科政治避难的要求。